Fungicídy sú klasifikované podľa spôsobu ich použitia

1. Ochranný prostriedok
Pred kontaktom patogénnych mikroorganizmov s rastlinou alebo ponorením rastliny sa rastlina alebo okolité prostredie ošetrí liekom na inhibíciu klíčenia patogénnych spór alebo zabitie vyklíčených patogénnych spór, aby sa rastlina chránila pred ich poškodením. Tento efekt sa nazýva ochranný efekt. Prostriedky s týmto účinkom sú ochranné prostriedky. Ako je zmes Bordeaux, zinok zinok, síran meďnatý, meď zo zeleného mlieka, mancozeb, chlórtalonil atď.
2. Terapeutické prostriedky
Patogénne mikroorganizmy terapeutického činidla prenikli do rastliny, ale rastlina vykazuje príznaky a je v inkubačnej dobe. Droga preniká do rastlinného tkaniva z epidermy rastliny a zabíja alebo inhibuje patogén prostredníctvom transdukcie, difúzie alebo produkcie metabolitov, takže chorá rastlina už nebude trpieť a obnoví zdravie. Činidlá, ktoré majú tento terapeutický účinok, sa nazývajú terapeutické alebo chemoterapeutické činidlá. Ako je tiofanát-metyl, karbendazim, kasugamycín a tak ďalej.
3. Eradikačný prostriedok
Eradikanty označujú patogény, ktoré môžu priamo zabíjať patogény, ktoré napadli rastliny, keď sa aplikujú po infikovaní rastlín. Prostriedky s takýmto eradikačným účinkom sú eradikačné prostriedky. Ako je tiram, pentachlórfenát sodný, vápenná síra a tak ďalej.